Der Hamburger gilt vielen als Inbegriff ungesunden Essens, begründet wird dies mit wissenschaftlichen Erkenntnissen über die Gesundheitsfolgen der Zutaten und regelmäßigen Verzehrs von Fastfood. Der schlechte Ruf in gesundheitsbewussten Kreisen speist sich vor allem aus kulturkritischen Motiven, hat aber auch eine materielle Basis. Die Herkunft der einzelnen Teile ist nicht zu erkennen, für Haltbarkeit und standardisierte Qualität sorgen Chemikalien. Ein Hamburger ist ein komplexes Kunstprodukt, was unter anderem für Probleme sorgt bei der Ursachenforschung im Falle von Allergien oder bei Bakterienbefall, etwa mit EHEC. Der Hamburger gilt als ultra-verarbeitete Nahrung und damit als Risikofaktor für zahlreiche Zivilisationskrankheiten.
Zwar besteht der Hamburger im Kern beim Marktführer McDonald’s nach Unternehmensangaben aus 100 Prozent Rinderhackfleisch. Doch darum gruppieren sich zahlreiche Problemzutaten: Im Brötchen etwa neben Glukose-Fruktose-Sirup Fruktose die rein künstlichen Designerstoffe E471 (Mono- und Diclyceride von Speisefettsäuren), und E472e (Diacetylweinsäureester von Mono- und Diglyceriden von Speisefettsäuren), sowie E481 (Natriumsteaoryl-2-Lactylat).
Sogar die Gurkenscheibe ist chemisch verstärkt, mit einem „Festigungsmittel“ (E509), einem Konservierungsstoff (E202), und einem „natürlichen“ Aroma. Wenn noch Käse draufkommt, dann wird noch ein „natürliches“ Käse-Aroma draufgeschlagen, der Designerstoff Natriumcitrat (E331) und die zahn- und hirnschädliche Zitronensäure (E330).
Die Komplexität des Hamburgers hat auch zur Folge, dass bei Erkrankungen die Ursache für Infektionen nur schwer festzustellen ist, etwa mit den sogenannten EHEC-Bakterien etwa vom Typ E.coli 0157:H7, die im Jahre 1982 zum ersten Mal in einem Hamburger von McDonald’s festgestellt wurden.
Sie können im Extremfall zum Tode führen – doch wie sie in den Hamburger hineingeraten sind, lässt sich oft kaum noch feststellen. Denn das Fleisch für den Hamburger wird zerhackt, vermengt, neu vermischt, schließlich geformt und verschickt. Da ist vom Ur-Rind im Endprodukt kaum noch eine Spur zu finden.
So kommt es regelmäßig zu gigantischen Rückrufaktionen wegen der Killer-Bazille. Der bisher größte Rückruf fand 1997 statt: Die Herstellerfirma musste 25 Millionen Pfund Fleisch zurückrufen – 100 Millionen Hamburger-Klopse.
Der Hamburger zählt auch zu den Spitzenreitern bei den altersbeschleunigenden Problemelementen, die vor allem bei der fabrikmäßigen Erhitzung von Fertignahrung entstehen den sogenannten Advanced Glycation End Products (AGEs).