Sekundäre Pflanzenstoffe sollen vor bestimmten Krebsarten schützen, den Blutdruck senken, auch Nerven und Gehirn unterstützen. Sie scheinen entzündungshemmend zu sein und antibakteriell, antithrombotisch, sie senken den Blutdruck und das Cholesterin, stärken das Immunsystem, wirken als Antioxidantien. Ihre große Bedeutung für die menschliche Gesundheit wird dank wissenschaftlicher Untersuchungen zunehmend klarer. In industriellen Produkten ist der Gehalt an sekundären Planzenstoffen stark reduziert: Die Nahrungsindustrie eliminiert, um die Haltbarkeit zu verlängern, die gesundheitlich wertvollen, aber licht- und sauerstoffempfindlichen Pflanzenschutzstoffe und filtert sie aus ihren Produkten heraus, etwa die Polyphenole im Apfelsaft.
Je weniger der für Menschen gesunden Substanzen enthalten ist, desto besser ist es für die Haltbarkeit des Produktes, für die Bedürfnisse der Industrie, aber natürlich nicht für die Gesundheit.
Übliche Praktiken der Lebensmittelverarbeitung, etwa Erhitzen, Filtern, chemisches Aufreinigen oder langes Lagern reduzieren mithin den Gehalt an sekundären Pflanzenstoffen im Produkt und senken die ursprüngliche gesundheitsfördernde Kraft der Lebensmittel.
Erst seit den 1980er Jahren werden sie wissenschaftlich untersucht, etwa 100.000 verschiedene sekundäre Pflanzenstoffe sind bislang bekannt und immerhin 5000 bis 10.000 davon können dem Menschen in seiner Ernährung begegnen. Über detaillierte Wirkungen der Stoffe ist verhältnismäßig wenig bekannt.
Die große Zahl an Stoffe wird nach ihrer Struktur und Funktion in folgende Gruppen eingeteilt: Polyphenole, Carotinoide, Phytoöstrogene,Glucosinolate, Sulfide, Monoterpene, Saponine, Protease-Inhibitoren, Phytosterine und Lektine. Nur der Pflanzenfarbstoff Chlorophyll und der Phosphatspeicher Phytinsäure können nicht zugeordnet werden, gehören aber trotzdem zu den sekundären Pflanzenstoffen.
Sekundäre Pflanzenstoffe, auch als Phytamine beworben, werden von speziellen Zelltypen der Pflanze für ihren Stoffwechsel hergestellt. Sie dienen ihr beispielsweise als Farbstoffe, als Abwehrstoffe gegen Fressfeinde oder Angriffe von Mikroorganismen, als Medikament oder als Wachstumsregulatoren.
Sowohl in Obst als auch im Gemüse kommen sie vor, in Kartoffeln, Hülsenfrüchten, Nüssen oder Getreide. Nach Angaben des Bundesforschungsinstituts für Ernährung und Lebensmittel (Max Rubner-Institut, kurz MRI) werden mit einer durchschnittlichen, gemischten Kost täglich etwa 1,5 Gramm an sekundären Pflanzenstoffen verzehrt. Vegetarier essen deutlich mehr.
In der Werbung für Nahrungsergänzungsmittel weisen Hersteller gern darauf hin, dass die Durchschnittsbevölkerung weniger Gemüse und Obst verzehrt als empfohlen wird und daher wesentlich von angereicherten Lebensmittel oder Nahrungsergänzungen aus dem Feld der sekundären Pflanzenstoffe profitieren würden.
Als Pulver und Pillen aber scheinen diese Stoffe nicht immer ganz ungefährlich zu sein. Der Fall Beta-Carotin hat gezeigt, dass die heilsamen Wirkung in gesundheitsschädliche umschlagen können, wenn die Substanz nicht über das normale Essen aufgenommen wird, sondern künstlich isoliert verabreicht.